Kontrolu potravin u nás realizuje Státní zemědělská potravinářská inspekce (SZPI) a Státní veterinární správa (SVS ČR). SZPI kontroluje potraviny, suroviny k jejich výrobě, zemědělské výrobky a tabákové výrobky. Kompetence SZPI se vztahují na výrobu, skladování, přepravu i prodej (včetně dovozu). SZPI tak chrání občany před zdravotně závadnými potravinami, potravinami, které jsou špatně označené nebo s prošlým datem. Státní veterinární správa je organizací, která ze zákona vykonává dozor nad zdravotní nezávadností potravin živočišného původu, nad ochranou našeho území před možným zavlečením nebezpečných nákaz nebo jejich nositelů. Přímo i nepřímo zodpovídá i za zdraví občanů.
Dostupnost kvalitních a prověřených potravin na českém trhu patří mezi primární zájmy Ministerstva zemědělství (MZe), které proto v roce 2003 zavedlo národní značku kvality KLASA. Zda produkt ocenění získá rozhodují nezávislí odborníci z oboru potravinářství – zástupci MZe, Státního zemědělského intervenčního fondu (SZIF), Potravinářské komory ČR, Agrární komory, SVS ČR a SZPI. Jedním z hlavních kritérií udělení značky KLASA představuje prokázání výjimečných kvalitativních charakteristik minimálně v jednom znaku, které zvyšují jeho přidanou hodnotu a zaručují jeho jedinečnost ve vztahu k výrobkům běžně dostupným na trhu.
Kontroly výrobků nesoucích logo KLASA Státní veterinární správou a Státní zemědělskou a potravinářskou inspekcí probíhají nejenom v rámci samotného procesu udělování ocenění, ale i následně - do šesti měsíců od udělení a poté několikrát v průběhu platnosti certifikátu, který je přidělen na 3 roky. S kontrolními orgány spolupracuje MZe i SZIF velice intenzivně. Běžné a namátkové kontroly i ty vyvolané podněty spotřebitelů sledují jak kvalitu výrobků, tak dodržení právních předpisů a Pravidel pro udělování značky KLASA.
Z každé kontroly je pořízen protokol, jehož součástí jsou mikrobiologické či chemické laboratorní rozbory výrobků. Kopie protokolu shromažďuje SZIF a jsou při sebemenším problému snadno dohledatelné. Protokoly jsou zároveň i potvrzením, že výrobky prošly kontrolou a jsou v souladu s Pravidly pro udělování značky KLASA, s kvalitativními požadavky, předpisy Evropské unie a požadavky na bezpečnost potravin dle NK – Nařízení komise č. 2073/2005 (ES) o mikrobiologických kritériích pro potraviny.
V případě, že dojde k porušení kvalitativních parametrů, deklarací na obale nebo Pravidel pro udělování značky KLASA, informuje SVS a SZPI oddělení marketingu Státního zemědělského intervenčního fondu. O nápravě drobných nedostatků jedná SZIF přímo s výrobcem. Hrubé porušení pravidel může vést až k odebrání značky KLASA.
Během roku 2010 bylo Státní veterinární správou provedeno 209 kontrol u 675 výrobků. SZPI provedla za toto období 86 kontrol u 50 osob a u 138 výrobků. Oddělení marketingu SZIF bylo upozorněno na 5 připomínek ze strany SVS. Tyto připomínky byly výrobci do 30 dnů odstraněny a Oddělení marketingu SZIF bylo zasláno vyjádření a postup nápravného řešení.
Tento systém kontrol je zárukou trvalé kvality oceněných výrobků.